Résumé : Dans ce nouvel épisode de Kyle XY, davantage de questions et de nouveaux dangers attendent Kyle et la famille Trager. En effet, après que Kyle ait cherché à en savoir plus sur son passé, il va enfin pouvoir obtenir des réponses de la part d'Adam Baylin. Avec l'aide d'Adam, Kyle commence à comprendre d'où il vient et la portée de son potentiel.

Mais par un signe du destin, il finit rapidement sur le seuil de la porte de la famille qu'il a quitté peu avant. Maintenant, avec l'aide de Tom Foss qui l'entraînera, il doit apprendre quelles sont ses capacités et les garder secrètes vis-à-vis des membres de la famille Trager. Cette dernière va l'aider à être un adolescent ordinaire. Les Trager ont aussi quelques réajustements à faire : après que Kyle soit parti, Nicole s'est découragée et a quitté son travail tandis que Stephen a du subvenir aux besoins de sa famille. Parallèlement, Lori ne comprend pas pourquoi Declan semble si distant avec elle et Josh continue à faire ses singeries habituelles.

Enfin, le mystère s'épaissit tandis qu'une corporation, Madacorp, met la main sur la fille dans le caisson pour la lancer à la poursuite de Kyle. La jeune fille en question s'intègre peu à peu à la vie de ce dernier et à celle des Trager, menaçant peu à peu leur sécurité.